Bonjour ,
je pense pouvoir apporter des pistes à défaut d'une réelle explication. Pour St Étienne pas de problème , c'est le prénom d'un des premiers martyrs , cela se passait en 36 en Judée. C'est probablement issu de l'hébreu "cheliel" qui signifierait couronne de dieu. Ce prénom nous est revenu pas le grec Stéphanos ce qui va donner en occitan Estève puis Étienne en Français.
Pour les Orgues , c'est un peu plus compliqué. Rien à voir cependant avec l'instrument de musique; ce serait trop simple ... En fait , il existe à mon sens deux explication possibles et plausibles. L'une comme l'autre sont fonction de la configuration géographique du lieu et de son environnement.
A la base , deux racines pré indo européennes : TOL qui connait une variante en DOR qui désigne la hauteur et DOUR/DUR qui a une variante en DOR qui signifie l'eau et que l'on retrouve notamment dans DURANCE.
A un moment, le D s'amuit, c'est à dire qu'il ne se prononce plus et il ne subsiste plus que le OR qui la routine aidant , le temps passant et la signification de l'étymon "initial" s'étant perdu ; est peu à peu remplacé par le rapprochement avec des éléments du quotidien des habitants du cru. De fait , OR est alors sujet à l'attraction exercé par un mot courant ayant une consonance plus ou moins similaire.
Ex pour l'illustrer avec un nom de chez moi : Le village de la Morte n'a rien à voir avec une personne décédée. Là encore on a une racine pré indo européenne MORS qui désigne une butte rocheuse enherbée. Vu l'aspect désolé du lieu (la légende veut que le pays soit resté sept ans dans le brouillard ...) ; il y a de fortes chances pour que l'étymon originel ait subit l'attraction du latin morta.
Le phénomène est sans doute analogue pour St Étienne les Orgues.
Souvent ces toponymes difficiles à identifier sont dus aux transcriptions approximatives des fonctionnaires qui étaient envoyés dans les campagnes lorsqu'ont été fait les premiers cadastres. Ils ont souvent alors francisé le patois local , ce qui a donné quelquefois des aberrations en termes de pertinence par rapport à la réalité géographique des lieux.
Dire maintenant qui l'emporterait de la hauteur ou de l'eau, cela me semble difficile ! Je ne connais pas assez les lieux pour trancher. Si je m'en réfère à une carte IGN que j'ai , de nombreuses combes qui abritent des ruisseaux au moins réguliers convergent vers St Étienne. A ce moment là , pourrait être St Étienne "les eaux" ; vu la proximité de Lure et de ses antécimes , ça pourrait aussi bien être St Étienne les "hauts".
L'un comme l'autre peuvent être recevables en l'état. Pour avoir une totale certitude il faudrait se replonger dans les registres et essayer de pister l'évolution phonétique du nom. Mais là c'est une autre affaire !
Bonne journée
Frank